Die Vielseitigkeit als Musiker war für Eduard Kutrowatz stets von zentraler Bedeutung. Mit seinem Bruder Johannes bildet er seit vielen Jahren eines der international erfolgreichsten Klavierduos. Zahlreiche CD-Aufnahmen dokumentieren diese Zusammenarbeit. Von 2001 bis 2015 waren die beiden Brüder künstlerische Leiter des von ihnen gegründeten Festivals „Klangfruehling Burg Schlaining“, seit 2009 sind sie Intendanten des Liszt Festivals in Raiding. Mit der Mezzosopranistin Lisa Rombach nahm er eine CD mit Liedern burgenländischer Komponisten auf, mit der Klarinettistin Andrea Götsch verbindet in seit vergangenem Jahr eine enge musikalische Zusammenarbeit.
Eduard Kutrowatz ist Mitglied der KIBU und tritt seit vielen Jahren als Komponist in Erscheinung.